Program Studi Magister (S-2) Manajemen Pendidikan PPs UNY diselenggarakan sejak tahun 1995 berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor: 378/Dikti/Kep/1995. Pada awalnya program studi ini hanya melayani mahasiswa dari negera-negara non-blok. Selanjutnya berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor: 74/Dikti/Kep/2000, program studi ini ditetapkan menjadi program studi yang terbuka untuk umum, yang menerima mahasiswa dari masyarakat dalam dan luar negeri. SK pendirian selalu diperbaharui, sesuai ketentuan yang berlaku, dan terakhir dengan SK Pendirian Nomor: 331/DIKTI/Kep/2000 dan SK Izin Operasional Nomor: 3022/D/T/2004. Penyelenggaraan prodi S-2 Manajemen Pendidikan PPs UNY ini mendapat peringkat Akreditasi A Nomor: 0775/SK/BAN-PT/Akred/M/III/2017) tertanggal 21 Maret 2017 .